玛卡是一种一年生草本植物。其地下部分的块状根茎,长10至14厘米、直径在最宽部分3至5厘米,周长为15厘米;形似小萝卜,自然界发现有两种类型的颜色,黄色和紫色,质地稠密具有一定硬度。植物的须根呈白色,长达15厘米,在各个方向上大量延伸。叶子的长度为20至23厘米,具齿痕,叶形二回羽状分裂,长8至13厘米,宽3厘米,生长垂向地面。叶柄很结实,可达到的长度超过10厘米,二级茎形成分支,长10到16厘米。
玛卡是独行菜属中生有肥厚的下胚轴的物种。下胚轴与根融合,形成了一个粗糙倒梨形的块根。玛卡根部的形状和体积差距很大,有三角形、椭圆形或矩形。玛卡的下胚轴可能呈金色或者淡黄色、红色、紫色、蓝色、黑色或者绿色。每一株都被认为是独特的基因品种。特别的性状(主要指根的颜色)会根据其不同营养和特性而被特别的人工选 培育。在秘鲁,淡黄色的根最常见,形状、味道也。