活性肽的分类可按原料来源和保健功能来划分。按原料划分的类别有：

乳肽　主要由动物乳中酪蛋白与乳清蛋白酶解制得，比原蛋白更易溶解于水和被人体消化吸收，且耐酸、耐热、渗透压低，是活性肽中需求量、应用最广的保健食品素材。

大豆肽　由大豆蛋白酶解制得。具有低抗原性、胆固醇、促进脂质代谢及发酵等功能。用于食品能快速补充蛋白质源，以及作为双歧杆菌增殖因子。

玉米肽　由玉米蛋白酶解制得。具有，改善肝、肾、营养的功能，并可促进酒精代谢，用做醒酒食品。

豌豆肽　酶解豌豆蛋白制得。口味温和、价廉，可用于配方乳粉。

卵白肽　酶解卵蛋白制得。具有易消化吸收、低抗原、耐热等特点，可用于流动食品、营养食品或糕点中。

畜产肽　由牲畜肌肉、内脏、血液中的蛋白经酶解而制得，如脱脂牛肉酶解制得牛肉肽，含较高支链氨基酸和肉毒碱，是低热量蛋白质补充剂；新鲜猪肝经酶解、脱色、脱臭、超滤精制得肝肽，可作促铁吸收剂，用于食品、饮料、糕点等；猪血经酶解制得血球蛋白肽，可用于各类食品。

水产肽　各种鱼肉蛋白酶解制得的肽，如沙丁鱼肽，是血管素转换酶肽，不含苦味，可用于制作的保健食品或制剂。

丝蛋白肽　蚕茧丝蛋白经酶解制得的低肽，具有促进酒精代谢、、等多种功能，可用于醒酒食品和特种保健食品。

复合肽　动植物、水产、畜产等多种蛋白质混合物经酶解制得的复合肽，具有改善脂质代谢功能，可用于各类保健食品。