乳制品

酪蛋白是转谷氨酰胺酶的良好底物，其中β-酪蛋白、κ-酪蛋白优于α-酪蛋白。在奶酪生产中，经过转谷氨酰胺酶处理后，使乳清蛋白与酪蛋白交联在一起，可以提高奶酪的产量。在酸奶生产中使用转谷氨酰胺酶可以生产高品质低脂酸奶。乳中蛋白经过转谷氨酰胺酶处理后，可用作可食性涂膜、包装材料，提高产品外观及保质期。

植物蛋白制品

所有研究都表明，经过转谷氨酰胺酶处理后，大豆蛋白都发生交联，交联程度与球蛋白的表面赖氨酸、谷氨酰胺的含量有关。因此要通过热处理、化学处理，使球蛋白结构打开，增加其表面的赖氨酸和谷氨酰胺的含量。大豆蛋白经过改性后，其溶解性、对酸稳定性、乳化性、乳化稳定性、凝胶性都得到提高。