果胶酶是指分解植物主要成分—果胶质的酶类。果胶酶广泛分布于高等植物和微生物中，根据其作用底物的不同。又可分为三类。其中两类（果胶酯酶和聚半乳糖醛酸酶）存在于高等植物和微生物中，还有一类（果胶裂解酶）存在于微生物，特别是某些植物的致病微生物中。

果胶酶由黑曲霉经发酵精制而得。外观呈浅黄色粉末状，被称为四大酶制剂之一。其实果胶酶并不特指某一种酶，而是分解果胶的一类酶的总称，包括半乳糖醛酸酶、果胶分解酶和果胶脂酶等。

果胶酶能够分解果胶，瓦解植物细胞壁及胞间层，使榨取果汁变得容易，而且果胶分解成可溶性的半乳糖醛酸，也会让浑浊的果汁变得变得澄清。果胶酶主要存在于高等植物和微生物中，另外在某些原生动物和昆虫中也有发现。目前市售食品级果胶酶的主要来源是黑曲霉的代谢产物。