果胶酶是指分解植物主要成分—果胶质的酶类。果胶酶广泛分布于高等植物和微生物中，根据其作用底物的不同。又可分为三类。其中两类（果胶酯酶和聚半乳糖醛酸酶）存在于高等植物和微生物中，还有一类（果胶裂解酶）存在于微生物，特别是某些植物的致病微生物中。

果胶酶包括两类，一类能催化果胶解聚，另一类能催化果胶分子中的酯水解。其中催化果胶物质解聚的酶分为作用于果胶的酶（聚甲基半乳糖、醛酸酶、醛酸裂解酶或者果胶裂解酶）和作用于果胶酸的酶（聚半乳糖醛酸酶、聚半乳糖醛酸裂解酶或者果胶酸裂解酶）。催化果胶分子中酯水解的酶有果胶酯酶和果胶酰基水解酶。

果胶酶由黑曲霉经发酵精制而得。外观呈浅黄色粉末状，被称为四大酶制剂之一。其实果胶酶并不特指某一种酶，而是分解果胶的一类酶的总称，包括半乳糖醛酸酶、果胶分解酶和果胶脂酶等。

果胶酶能够分解果胶，瓦解植物细胞壁及胞间层，使榨取果汁变得容易，而且果胶分解成可溶性的半乳糖醛酸，也会让浑浊的果汁变得变得澄清。果胶酶主要存在于高等植物和微生物中，另外在某些原生动物和昆虫中也有发现。目前市售食品级果胶酶的主要来源是黑曲霉的代谢产物。

果胶酶在果汁生产中起着非常重要的作用。一般情况下，水果经破碎后的果汁中含有果胶、纤维素等固体物，根据分子大小，果胶起到植物纤维的作用，它会阻止甚至使液体流动停止，使固体粒子保持悬浮、汁液处于均匀的浑浊状态。因此，制作果汁必须将果胶分解，使其失去活性，才能使汁液达到澄清的目的，而果胶酶就可以起到这个作用。