酸性蛋白酶是指蛋白酶具有较低的最适pH，而不是指酸性基团存在于酶的活性部位，酸性蛋白酶的最适PH从2左右(胃蛋白酶)到4左右。从酶的活力-PH曲线分析，在酶的活性部位中含有一个或更多的羧基。这一类蛋白酶中研究最的是胃蛋白酶。

酸性蛋白酶是由隆科特黑曲霉优良菌种经发酵精制提炼而成，它能在低PH条件下，有效水解蛋白质，广泛应用于酒精、白酒、啤酒、酿造、食品加工、饲料添加、皮革加工等行业。

蛋白酶对其水解的肽键邻近的基团有一定的专一性要求，例如，羧肽酶和氨肽酶分别要求其作用的肽键邻近有游离的羧基和氨基；胰凝乳蛋白酶要求其水解肽键的羧基端为芳香族氨基酸(酪氨酸或色氨酸等)，而胰蛋白酶则要求为碱性氨基酸(赖氨酸或精氨酸等)。