通常酸性蛋白酶的抑制剂主要是重氮酮化合物和十二烷基硫酸钠。霉菌来源的酸性蛋白酶通常并不受胃蛋白酶抑制剂-对溴苯的抑制，但却对N-溴代琥珀酰亚胺和高锰酸钾敏感。此外，并非每种酸性蛋白酶都会被胃蛋白酶抑制剂或链霉素胃蛋白酶抑制剂（S-PI）抑制，如黑曲霉所产酸性蛋白酶A1、A2所产酸性蛋白酶4对其均不敏感。某些青霉属的微生物和根霉属的中华根霉所产酸性蛋白酶见光会被2,3-丁二酮作用而失活，这可能与酶的活性部位含酪氨酸以及色氨酸有关。另外，沙门拍干酪青霉产的门冬氨酸蛋白酶可被1,2-环氧3-（对硝基苯）丙烷（EPNP）、重氮乙酰DL-亮氨酸甲脂（DAN）及胃蛋白酶抑制剂所抑制，这与门冬氨酸蛋白酶中的羧基在其催化反应中起关键作用有关。黑曲霉所产的B型蛋白酶，受二硫代双2-硝基苯甲酸（DTPB）、EPNP及DAN的抑制，而A型酶完全不被EPNP抑制，只被DAN及重氮试剂部分抑制，需要指出的是，上述试剂对A\B两种酶的都需要有钙离子的参加。对啤酒酵母所产的胞外酸性蛋白酶的研究表明，其可被甲苯磺酰氟和对氟汞苯甲酸部分抑制。另外，从日本清酒酒曲中分离出的酸性蛋白酶，其性质类似于“胃蛋白酶”型酸性蛋白酶，可被EPNP和胃蛋白酶抑制剂所抑制，但对对-溴苯和联乙酰试剂不敏感。